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Nachdem ein Kampf mit Shredder dazu führt, dass Donatello von einem Laserstrahl getroffen wird, verwandelt sich seine Persönlichkeit in einen kostümierten Superhelden namens Dark Turtle. Seine Mission: Shredder suchen und zerstören. Währenddessen dringt eine dinosaurierähnliche Alien-Rasse namens Triceratons in die Erde ein.