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Shredder benutzt eine Zeitmaschine, um im Jahr 1583 ins alte Japan zurückzukehren. Er plant, Hamato Koji, den Mann, der den Foot Clan gründete, und Splinters großen Vorfahren zu besiegen, denn wenn Hamato Koji besiegt worden wäre, wäre es Meister Splinter niemals gewesen geboren und die Schildkröten würden für immer gewöhnliche Schildkröten bleiben.