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Jiraiyas Kampf gegen Pain geht weiter. Er hat zwar erkannt, dass einer von Pains Körpern genau so aussieht wie Yahiko, keiner allerdings auch nur eine entfernte Ähnlichkeit mit Nagato hat, der das Rin'negan besaß, obwohl alle das Rin'negan besitzen. Ist Pain Yahiko oder Nagato? Pain beantwortet ihm diese Frage natürlich nicht. Anstattdessen stürmt Pain mit all seinen Körpern auf ihn zu, der Dämon-Körper attackiert Jiraiya mit seinen Raketen, doch Jiraiya kann allem ausweichen.
Um ihre Zahl zu dezimieren, zieht er den Animalisch-Körper in einen Säure-Frosch, in dem er ihn töten kann. Dabei löst sich jedoch das Stirnband des Körpers, und eine markante Narbe kommt zum Vorschein. Jiraiya erkennt, dass er diesen Fuuma-Shinobi bereits einmal getroffen hat, und realisiert, dass dieser Körper doch nicht Nagato sein kann. Um seine Theorie zu beweisen, muss er wieder an die Oberfläche zu den anderen Pains gehen...
Dort angekommen bestätigt sich auch sofort, was er vermutet hatte: Jeder der Körper ist eine Person, die Jiraiya auf seiner großen Reise bereits getroffen hatte. Das lässt ihn das Geheimnis um Pain lösen, doch der Dämon-Körper greift ihn überraschend an und zertrümmert Jiraiya seine Stimmbänder. Sofort darauf springen die anderen Pains auf ihn zu und pfählen ihn mit schwarzen Chakra-Konduktor-Stäben auf. Jiraiya wird ohnmächtig.
Hat er versagt? Ist alles, was er in seinem Leben getan hat, nur ein lächerlicher Witz gewesen? So will Jiraiya nicht sterben. In Gedanken an Naruto, der niemals aufgibt, nimmt sich auch Jiraiya dieses Ziel zu Herzen und kämpft sich wieder zu den Lebenden zurück. Da Pain sich bereits aufgemacht hat, den Kampfplatz zu verlassen, hat Jiraiya noch Zeit, das kodierte Geheimnis über Pain in Fukasakus Rücken einzubrennen.
So stirbt Jiraiya doch noch ehrenvoll, und kann glücklich diese Welt verlassen, nachdem ihm ein perfekter Titel für sein neues Buch eingefallen ist:
Die Geschichte des Uzumaki Naruto