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Der Pilot Mu La Flaga schliesst sich der Mannschaft der Archangel an, nachdem sein Fahrzeug zerstört wurde. Er vermutet einen neuen Anschlag der ZAFTs und nimmt die fünf Jugendlichen Kira, Miriallia, Tolle, Sai und Kazui mit an Bord. Die ZAFTs greifen wieder an und sie müssen zusehen, wie Heliopolis in tausend Einzelteile zerbricht …