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Ayato Kamina , Hiroko Asahina und Mamoru Torigai sind mit einer Frau, die Ayato verfolgt hatte, mit dem Zug auf dem Weg zu einem Chemietest. Der Zug stürzt plötzlich ab, Hiroko und Mamoru werden verletzt. Nachdem er gegangen ist, um Hilfe zu suchen, ist Ayato verzweifelt, als er sieht, wie Tokio plötzlich von futuristischen Flugzeugjägern überfallen wird, obwohl später ein riesiger Dolem namens Allegretto geschickt wurde, um die Hauptstadt zu verteidigen. In den Trümmern begegnet Ayato auf mysteriöse Weise Reika Mishima, nostalgisch von ihrem Aussehen. In der U-Bahn sind Bundesagenten gekommen, um Ayato zu verhaften, aber die mysteriöse Frau schafft es, ihn zu retten. Ayato lehnt es ab, mit ihr zu gehen und steigt mit Reika in einen Zug, der eine spezielle Station namens "The Shrine of Xephon" unter der Bucht von Tokio erreicht. Im Inneren finden sie einen Bereich, der von einem blauen Himmel bedeckt ist und ein riesiges Ei, das in einem Wasserbecken ruht. Die Dolems, die oben singen, beeinflussen Ayato, aber Reika durchbricht sie mit einem eigenen Lied. Das Ei knackt plötzlich und zeigt Flügel im Inneren.