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Ayato wird von Fortissimo an seiner Flucht behindert. Der Stalker, der jetzt als Haruka Shitou erkannt wird , wird vom RahXephon sicher gehalten, aber Reika steht auf seiner Schulter, als er von einer Energieexplosion getroffen wird. Das RahXephon zerschmettert Fortissimo in Stücke und erreicht dann die Barriere von Tokyo Jupiter, um in einer verlassenen Stadt in der Nähe der Barriere zu landen. Nachdem sie etwas zu Essen gesammelt haben, suchen Ayato und Haruka in einem Fischerboot Schutz für die Nacht. Haruka enthüllt Ayato die Wahrheit über die Welt und erwähnt, dass die Zeit seit zwölf Jahren verstrichen ist. Am nächsten Tag macht sich Ayato alleine auf den Weg und erhält einen Anruf über ein Münztelefonvon seiner Mutter und sagt ihm, er solle sich nicht von einer Gruppe von Leuten zwingen lassen, die es versuchen werden. Haruka findet ihn, um ihm zu sagen, dass die Barriere seine Heimatstadt von der Außenwelt trennt. Haruka zündet später das brennende Boot an, um Kontakt mit der TERRA-Organisation zu signalisieren.