Die Rückkehr ins Labyrinth Ground Zero

Elvy und Haruka gehen im Vermilion hinaus, um Ayato und Quon abzufangen, aber ein Dolem erscheint und kämpft gegen das Vermilion, und sie können Ayato und Quon nicht aufhalten. Der Vermilion folgt dann dem RahXephon in Tokyo Jupiter. Im Krankenhaus scheint Ayato amnesisch zu sein und Quon befindet sich dank Reika in einem komatösen Zustand, bis die Wahrheit ans Licht kommt. Während Maya Ayato vom Krankenhaus nach Hause fährt, begegnet er Hiroko und Mamoru. Obwohl Ayato sechs Monate bei der TERRA-Organisation verbracht hat, war er nur einen Monat in Tokyo Jupiter unterwegs.