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Der RahXephon wird von Ayato beschworen und besiegt die Eindringlinge, bevor er den Dolem namens Fortissimo im Kampf besiegt. Ayato wird dann von seiner Mutter Maya Kamina nach Hause gebracht , die darauf besteht, dass solche Dinge nicht am Himmel schweben. Nach der Schule am nächsten Tag sagt Reika Ayato, dass die Invasion kein Traum war. Nachts lädt der Stalker Ayato zu einem Treffen mit ihr in einen Park ein und versucht, ihn aus der Stadt zu bringen. Währenddessen erweckt Reika am Schrein den RahXephon wieder und Ayato und der Stalker landen am Schrein. Ayato wird in das RahXephon gebracht und bewirkt, dass das RahXephon mit den Dolems in Resonanz tritt. Ayatos Mutter kommt am Schrein an und er ist überrascht, sie dort zu sehen, aber es stellt sich heraus, dass sie nicht das ist, was sie zu sein scheint.