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Ein Kommandoschiff der Mini-Roboter kreist arglos im Orbit ihres Heimatplaneten Cybertron, als es plötzlich zwischen die Fronten der im Krieg liegenden Autobots und Decepticons gerät. Bei dem Versuch, aus dem Schlachtgetümmel zu fliehen, werden die friedliebenden Mini-Cons in ein schwarzes Loch gesogen. Das kleine Raumschiff wird durchs All geschleudert und landet schließlich auf der Erde. – Vier Millionen Jahre später: Rad und Carlos entdecken nach der Schule eine geheimnisvolle Höhle. Als die Jungs sie genauer untersuchen, finden sie ein mysteriöses grünes Raumschiff. Während sie es genauer in Augenschein nehmen, aktivieren sie unwissentlich die Sensoren des Schiffes, das sofort ein Laser-Signal an seinen Heimatplaneten Cybertron sendet. So erfahren sowohl Optimus Prime von den Autobots als auch Megatron und seine Decepticons, wo sich die Mini-Cons befinden!